目前以每月第三個星期日，固定至偏遠山區作巡迴醫療。 服務範圍包括恆春鎮、滿州鄉、牡丹鄉、車城鄉、獅子鄉和枋山鄉；深入恆春偏遠的山區村落約有32個點。 每次醫巡的工作人員包含眼科、內科醫師、護理人員、行政工作人員、院牧人員。提供衛教與親職教育宣導等。

恆春半島由於長期以來城鄉發展差距日異擴大，山區裡的年輕人紛紛到外地謀生，導致留在故鄉裡的多半為老人及小孩。除了居住在恆春鎮上的居民就醫較為便利外（這也僅限於一般疾病看診而言），其他居住在鎮外、偏遠山區的民眾，由於交通不便、車費昂貴，往往就是小病能忍則忍直到無法忍受才來鎮上看診。而家中貧困又行動不便的老人，更常常因為延誤就醫的黃金時間，甚而喪失寶貴健康及生命。為了避免憾事不斷重演，恆基堅持山地巡迴醫療服務。

早期醫巡時僅在臨時搭起的棚子或是老房子裏，就地看診、施藥，甚至為病人進行外科的縫合手術。當時恆基醫巡團隊包括兩名醫師、四名護士、院牧、藥師、掛號等工作人員，開著巡迴醫療車，帶著簡便的醫療儀器，一到部落就開始忙碌的看診工作；這些同工，除了醫師外，常要身兼數職，一下子是要幫忙掛號，還要協助藥師包藥，常是忙得沒時間上廁所，但大家都忙得很充實很喜樂。

護士劉玉英回憶：「有一次探訪一位中風左側癱瘓、不能言語的病患，身上長滿褥瘡，褥瘡周邊的組織均為死肉且發黑、潰爛，陣陣發出難聞的氣味。帶她住院後，用兩個小時幫助這位病患，用酒精去軟化汙垢，慢慢搓洗才恢復皮膚原來的面貌，再為她沐浴、梳理全身，做了一次全身的清潔與傷口施藥」。

山地巡迴醫療每次成本約 11 萬元，約看診 50 人次，扣掉健保給付，恆基每次義診必須倒貼 8 - 9 萬元。因而，恆基每年要花費數佰萬元在山地巡迴醫療義診上；而這不敷成本的執著，已經做了53年。